航空运输与工程学院是承担南京航空航天大学金城学院航空特色办学的主体学院，致力于培养“有事业抱负、有敬业精神、有职业素养、有专业品质”的高素质航空应用型人才。

　　学院现设有无人驾驶航空器系统工程、交通运输(民航机务工程方向)、飞行器制造工程、飞行器控制与信息工程、飞行技术、航空服务艺术与管理等6个航空类专业，以及以航空工程建设与运行管理为主要学习方向的土木工程、智能建造、工程造价、工商管理、物流管理等5个本科专业。目前在校生近4000人，自有专任教师百余名，其中含有教育部教指委委员2人、正教授10余人、江苏省青蓝工程骨干教师3人。

　　学院拥有波音737—500飞机、FTD及CBT飞行训练模拟机、B737-800/A320机型客舱服务训练器、Spey Mk.202斯贝航空发动机、航空科技馆、VR虚拟实验室、土木工程材料和结构实验室、管理工程综合实验室和大学生创新工作室等22个专业实验(训)室，仪器与设备总价值6000万元。在东方航空、厦门航空、圆通航空、江西航空和南京禄口机场等多家航空企业设有实践基地。

　　从历年毕业生就业情况来看，大部分毕业生在航空相关领域从事飞行驾驶、空乘服务、飞行器制造与维护、机场建设与运行管理等技术和管理工作，还有约10%左右的同学考取南京航空航天大学、中国民航大学、中国民用航空飞行学院等知名航空高校的研究生。此外，借助于学校开展的“本硕直通”和“微留学”等国际教育项目，一部分同学还进入英国爱丁堡大学和美国安柏瑞德航空航天大学等世界名校继续学习深造。